Philip Tobias : 1925 - 2012

Code, science & musings





Les fossiles trouvés au Gabon par une équipe internationale de paléontologues risquent de faire grand bruit dans les semaines voir les années à venir. Si leur nature et leur datation se confirment, nous sommes sans doute en présence de l'une dés plus importante découverte de l'histoire des sciences : l'existence d'une vie multicellulaire sur Terre il y a 2 milliards d'années.
Je reviens depuis quelques semaines à mes premières amours, les sciences du vivant, d'abord par mes lectures, puis en essayant de développer quelques outils web aptent à présenter diverses données.

La 4e rapport du GIEC (IPCC) est donc sortit ce vendredi. Qu'apporte-t-il de nouveau par rapport au précédent publié en 2001-2002 ? On serait tenté de dire pas grand chose : les scientifiques sont dorénavant quasi certain que le réchauffement planétaire observé est principalement du à l'activité humaine et que la température moyenne du globe devrait augmenter de 1.8 à 4 °c à l'horizon 2100. Mais ce ne sont pas vraiment les conclusions du rapport ou le fait que les politiques semblent enfin prendre le sujet au sérieux qui m'ont interpellé, plutôt un sentiment assez curieux que j'avais déjà ressentit à la sortie du précédent rapport.
Où du moins des ignorants, des obscurantistes, des tout ce que vous voulez. Non, il ne s'agit pas d'insultes gratuites, simplement d'une réaction certes épidermique mais justifiée devant la superstition assumée des maîtres du monde : un Américain sur trois rejetterait purement et simplement le concept d'évolution biologique.
A voir, la soirée Théma « Main basse sur la nature » proposée mardi 15 novembre 2005 par Arte, à partir de 20.40.
Après la disparition d'un géant de la bande dessinée, c'est au tour d'un géant de la biologie de faire ses adieux : Ernst Mayr est décédé ce 3 février 2005, au terme d'un siècle d'existence riche et fructueuse.
Bon, ça fait déjà quelques années que les scientifiques tirent la sonnette d'alarme, sans que leur prise de conscience soit pourtant suivie de décisions politiques. Le récent article publié dans le numéro 6970 de la revue Nature (vol.427, 08 janvier 2004) ne changera certainement - et malheureusement - rien à l'affaire, mais ne baissons pas les bras.
Quelques photos prises assez maladroitement avec un tout nouvel appareil au zoo de Lagos (Portugal), le 01 mai 2011.
DE PRACONTAL, Michel. Culture et conformisme chez les animaux. Carnets de labo,

MYERS, P. Z.. Coelacanths are unexceptional products of evolution. Panda's Thumb,
CHU, Jennifer. Huge and widespread volcanic eruptions triggered the end-Triassic extinction. MIT News,
DE PRACONTAL, Michel. Une nouvelle chronologie de l'histoire d'Homo sapiens. Carnets de labo,

BONAL, Cordélia. Le tigre de Tasmanie, c'est vraiment fini. Libération,
DRUZHKOVA, AS ; THALMANN, O ; TRIFONOV, VA, et al.. Ancient DNA Analysis Affirms the Canid from Altai as a Primitive Dog. PLoS ONE 8(3): e57754,
Les analyses ADN d'un fossile de canidé vieux de 33 000 ans montreraient une proximité plus importante avec les chiens modernes et fossiles qu'avec les loups actuels. Une pierre de plus montrant que la domestication du plus fidèle amis de l'homme est très ancienne.

ZIMMER, Carl. The Weird Youth of the Animal Kingdom. The Loom,
PROTHERO, Donald. What’s in a name ?. Skeptiblog,
To discover interordinal relationships of living and fossil placental mammals and the time of origin of placentals relative to the Cretaceous-Paleogene (K-Pg) boundary, we scored 4541 phenomic characters de novo for 86 fossil and living species. Combining these data with molecular sequences, we obtained a phylogenetic tree that, when calibrated with fossils, shows that crown clade Placentalia and placental orders originated after the K-Pg boundary. Many nodes discovered using molecular data are upheld, but phenomic signals overturn molecular signals to show Sundatheria (Dermoptera + Scandentia) as the sister taxon of Primates, a close link between Proboscidea (elephants) and Sirenia (sea cows), and the monophyly of echolocating Chiroptera (bats). Our tree suggests that Placentalia first split into Xenarthra and Epitheria; extinct New World species are the oldest members of Afrotheria.
O'LEARY, Maureen A. ; BLOCH, Jonathan I. ; FLYNN, John J., et al.. The Placental Mammal Ancestor and the Post–K-Pg Radiation of Placentals. Science, . Source : arstechnica.

Top 10 New Species - 2012. International Instiute for Species Exploration

Darwin's theories (plural) are not controversial because they imply that species are mutable. (...)
Darwin was not controversial because he implied racist ideas about humans. (...)
Darwin was not controversial because he thought the age of the earth was large. (...)
Darwin was not controversial because his account of humans being animals contradicted the Bible. (...)
No, the reason why Darwin was controversial is very, very simple. Darwin argued that complex designs could arise without a mind to guide it.
WILKINS, John. Why is Darwin's theory so controversial ?. Evolving Thoughts,

VINCE, Gaia. A looming mass extinction caused by humans. BBC Future,
YOUNG, Matt. Carbon dating to 50,000 years. Panda's Thumb,
BLIECK, Alain. Du plus ancien insecte au plus ancien tétrapode. Science… et pseudo-sciences,
BLIECK, Alain. Le plus ancien insecte complet. Science… et pseudo-sciences,

Les 100 espèces les plus menacées du monde : sont-elles sans prix ou sans valeur ?. IUCN,

COLE, Adam. A New Species Discovered … On Flickr. npr,
HUET, Silvestre. Polémique: la bactérie "alien" de la Nasa réfutée. {sciences}²,
The toughest life on Earth. phys.org,
DAWKINS, Richard. The Descent of Edward Wilson. Prospect,
HUET, Silvestre. Moins de cent aurochs à l'origine des bovins domestiques ?. {sciences}²,
HUET, Silvestre. Abeilles: les insecticides tuent à faibles doses. {sciences}²,
CURNOE, Darren ; XUEPING, Ji ; HERRIES, Andy, et al.. Human Remains from the Pleistocene-Holocene Transition of Southwest China Suggest a Complex Evolutionary History for East Asians. PLoS ONE,

Scientists Name Two New Species of Horned Dinosaur. Cleveland Museum of Natural History, . Unescoceratops koppelhusae (en haut à droite) et Gryphoceratops morrisonii (en bas à gauche), 2 nouvelles espèces de Leptoceratops (Alberta, Canada). Dessin de Julius T. Csotonyi.

PITTALWALA, Iqbal. Oldest Organism With Skeleton Discovered in Australia. UCR Today,

MATZKE, Nick. What Evolutionary Biologists Do. Panda's thumb,

BATES, K. T. ; FALKINGHAM, P. L.. Estimating maximum bite performance in Tyrannosaurus rex using multi-body dynamics. biology letters,
The Origin of Photosynthesis Revealed. Rutgers,
The First Plants Caused Ice Ages. Astrobiology Magazine,

MAKI. In Which the Can is Ope(Ne)d. sci-ence.org,
BLIECK, Alain. Retour sur la fin des dinosaures, la limite Crétacé-Tertiaire et les datations « absolues ». Science… & pseudo-sciences,
RYAN, Michael. New Theory Explains Life, Universe, Everything! Really!. Paleoblog,
Je n'ai pas eu le temps de lire l'article du Dr Andrulis décrit par Ryan. L'idée principale de sa théorie - tout ce qui constitue la réalité physique et son fonctionnement, des atomes aux structures cosmiques, peut être décrit par un unique entité géométrique - est, comment dire, curieuse. C'est la fameuse « Théorie du Tout ». Et, les aléas de mes lectures sur le web font qu'à peine quelques minutes plus tard, je tombais la dessus :

PIRO, Tony. Theory of everything. Calamities of Nature,
Mais je ne vois pas pourquoi certains perdent leur temps dans cette quête car, comme tout le monde le sait, la question a déjà été tranchée, et la réponse est « 42 ».
PLAIT, Phil. Independent researchers find no evidence for arsenic life in Mono Lake. Bad Astronomy,

O'BRIEN, LJ ; CARON, J-B. A New Stalked Filter-Feeder from the Middle Cambrian Burgess Shale, British Columbia, Canada. PLoS ONE,
FISCHER, V ; MAISCH, MW ; NAISH, D, et al.. New Ophthalmosaurid Ichthyosaurs from the European Lower Cretaceous Demonstrate Extensive Ichthyosaur Survival across the Jurassic–Cretaceous Boundary. PLos ONE,
BRIN, David. Farewell to Two Amazing Women. Contrary Brin,
CAMPIONE, Nicolás ; EVANS, David. Cranial Growth and Variation in Edmontosaurs (Dinosauria: Hadrosauridae) (Implications for Latest Cretaceous Megaherbivore Diversity in North America. PLoS ONE,
HUET, Silvestre. Une bactérie xénobiotique aiguise les débats sur la biologie synthétique. {Sciences²},
Silvestre Huet nous apprend la naissance d'un magazine d'histoire naturelle, escpèces. La description du premier numéro est alléchante, alors on se rend sur le site de la revue, et là, c'est le drame !!! (pour qui a désactivé son plugin flash).
LADEN, Greg. What happened with Archaeopteryx ?. 10,000 birds,
PROTHERO, Donald. Pluto, Triceratops, Brontosaurus : What’s in a Name?. Skepticblog,
Sur les règles de nommage en astronomie ou en paléontologie, et sur la manière dont le grand public interprète / reçoit des changements de nommination.
MYERS, PZ. Magnificent momma. Pharyngula,
SANDERS, Robert. Fungi helped destroy forests during mass extinction 250 million years ago. UC Berkeley News Center,
La crise permo-triassique dûe à des champignons ?
WILKINS, John. Yet another “post-Darwinism”. Evolving thoughts,
Notes de lectures sur le dernier bouquin de James Shapiro, je j'avais confondu (tout comme l'auteur de l'article) avec Robert Shapiro.
A lire aussi les Notes de lecture sur Ni Dieu ni Darwin - Les Français et la théorie de l’évolution.
COBB, Matthew. Eyes from the deep past. Why evolution is true,
Découverte de fossiles d'oeil d'arthropode extraordinairement complexes et datant du Cambrien (515 MA). Lire aussi le billet de P. Z. Myers.

NAISH, Darren. An introduction to hornbills. Tetrapod zoology,
Initiation à la biologie des bucérotidés, plus connus sous le nom de calaos.
NSF. Earth's Sixth Mass Extinction. Astrobiology magazine,
Cela fait des années que je traîne une tonne de notes de lecture sur les extinctions massives ; va falloir les publier.

MUNROE, Randall. Herpetology. xkcd,
CRAWLEY, William. 'We should be thankful to Charles Darwin'. Will & Testament,
HUET, Silvestre. L'évolution peu enseignée aux Etats-Unis. {sciences}²,

HOSLER, Jay ; CANNON, Kevin ; CANNON, Zander. Getting a Leg Up on Evolution - the Comic Book Version. Scientific American,
HUET, Silvestre. Le paludisme nous vient des gorilles. {sciences}²,
NAISH, Darren. Rilla Martin's 1964 photo of the 'Ozenkadnook tiger'. Tetrapod zoology, . Analyse de la photo prise en 1964 sensée représenter un thylacine.